Naoko Akagi mata a Rei en un suposat atak de locura provocada per cels. En el cas que Naoko estés dins de l'EVA-00 mai no acceptaria a la Rei com a pilot.

Naoko estimava secretament a Gendou Ikari, i en conseqüència odiava a Yui Ikari (i com diu en l'episodi 21, "...incluso me alegre de su muerte, soy un monstruo...". I sabent que Rei té un 90% d'ADN de Yui, tampoc no crec que li deixes fer moltes coses...

Com ja he dit abans, Naoko odiava a Yui. D'aquesta manera es podria considerar que també odia a Shinji, envers el qual, ja de petit li mostra certa antipatia. Aquesta raó podria justificar el descontrol que va patir l'EVA-00 quan Shinji era el pilot.

Misato, en el capítol 13 li pregunta a Ritsuko que si la tecnologia que implanta personalitats als ordenadors de 7a Generació (i de la qual, l'encarregada del desenvolupament era Naoko) està implantada en els EVA, i Ritsuko li respón que si. Això pot donar esperança de que Naoko hagi muntat algun cop al Evangelion.